محمدرضا رئوف شیبانی، معاون خاورمیانه و کشورهای مشترک المنافع وزارت امورخارجه کشورمان، از تشکیل کمیته سیاسی در سطح معاونان وزرای خارجه ایران و جمهوری آذربایجان در چارچوب تأمین منافع مشترک منطقه ای دو کشور خبر داد. وی روز سه­شنبه هفته گذشته گفت: «در دیدار با خلف خلف­اف، معاون وزیر امور خارجه جمهوری آذربایجان قرار شد از این پس تمام مشکلات موجود در روابط بین دو کشور در این کمیته به صورت مستمر بررسی شود». وی با اشاره به ظرفیت­های موجود برای همکاری بین ایران و جمهوری آذربایجان گفت: «دو کشور به همراه ترکیه از ظرفیت­های زیادی در منطقه برخوردارند که می توانند در گسترش همکاری­های سیاسی، اقتصادی، فرهنگی، صنعتی وفنی در منطقه بسیار تأثیرگذار باشند». وی بر افزایش حجم مبادلات تجاری بین ایران و جمهوری آذربایجان تأکید کرد و افزود: «در تلاش هستیم با رفع موانع موجود حجم مبادلات تجاری دو کشور را به پنج میلیارد دلار در سال افزایش دهیم».

مبادلات تجاری ایران و جمهوری آذربایجان در سال 1389 به 500 میلیون دلار رسید و سران دو کشور آخرین بار در آبان 1389 در باکو و در حاشیه اجلاس کشورهای ساحلی دریای خزر باهم دیدار و گفتگو کردندکه طی آن مقرر شد حجم مبادلات تجاری به پنج میلیارد دلار برسد. در این راستا به فعالیت نشست­های کمیسیون مشترک همکاری اقتصادی سرعت بخشیده شد و سفر مسئولین دو کشور برای تسریع این امر افزایش پیدا کرد؛ به طوری که در حوزه همکاری‌های ریلی، گمرکی و حمل و نقل شاهد پیشرفت‌هایی بوده­ایم.

به نظر می­رسد دو کشور بعد از تلاش در جهت توسعه روابط اقتصادی، در راستای افزایش دیدارها و همچنین ایجاد سازوکاری برای این همکاری­ها، تصمیم به ایجاد تشکیلاتی با هدف توسعه روابط دوجانبه کرده‌اند. امضای قرارداد ساخت خط آهن آستارا  رشت را که در سال 1389  بین مقامات مسئول جمهوری آذربایجان، روسیه و ایران، از طرح‌های بسیار مهم در این حوزه می‌باشد که در فاز نخست این قرارداد همکاری، می­توان 25 میلیون تن کالا را از طریق همین راه آهن بین دو کشور مبادله کرد. همچنین در صورت تحقق آن، امکان مبادله و ارسال انواع کالا از خلیج فارس به شمال اروپا محقق می شود.
از جمله مشکلات عمده‌ای که دو کشور در راه توسعه روابط با آن روبرو هستند، مسئله حمل و نقل است که با احداث خط آهن بین مغان در استان اردبیل و نقاط مرزی جمهوری آذربایجان (از جمله ایمیشلی)، پیشنهاد تشکیل پنجره واحد گمرکی در مرزهای مشترک زمینی دو کشور و نیز تشکیل کمیته­های کنسولی و گمرکی بین دو کشور، برای غلبه بر این مشکلات کوشیده­اند